Beim Unternehmenskauf wird zwischen einem Share-Deal und einem Asset-Deal unterschieden. Beim Share-Deal werden die Anteile an der Gesellschaft (also GmbH-Anteile oder Aktien) veräußert. Demgegenüber werden beim Asset-Deal die Einzelwirtschaftsgüter übertragen.

Es existieren zahlreiche Methoden zur Bewertung eines Unternehmens. Maßgeblich sind dabei insbesondere bilanzielle und steuerrechtliche Aspekte. Die Methoden sind im sind im Detail ausgesprochen komplex und entwickeln sich stetig. Als Berechnungsmethoden kommen insbesondere in Betracht:

Das Substanzwertverfahren, bei dem der Wert des Unternehmens aus der vorhandenen Substanz (Anlagen, Gebäude, Vorräte usw.) ermittelt wird. Auch das Liquidationswertverfahren legt die vorhandene Substanz des Unternehmens zugrunde, dies aber unter der Prämisse, dass das Unternehmen sofort liquidiert wird. Demgegenüber ermittelt sich der Wert beim Ertragswertverfahren nach den zukünftig zu erwartenden Erfolgen des Unternehmens. Zu den Ertragswertverfahren gehören die Abzinsung, bei der die künftigen Gewinne berücksichtigt werden, wobei die Art der Rechnungslegung – nach HGB oder IFRS - einen entscheidenden Einfluss auf die Wertfindung haben kann. Dies gilt auch für die Discounted Cash Flow Methode (DCF-Methode), bei der das Unternehmen auf Basis des erwarteten zukünftigen Cash-Flows bewertet wird. Bei der DCF Methode werden zumeist die Barmittel und das Fremdkapital nicht berücksichtigt, so dass man von „cash free debt free“ spricht.

Es existieren auch Kombinationswertverfahren, etwa die Mittelwertmethode, bei denen die Ermittlung des Unternehmenswerts durch eine Kombination und unterschiedliche Gewichtung von Ertragswert und Substanzwert erfolgt (Stuttgarter Verfahren, Berliner Verfahren, Schweizer Verfahren).

Multiplikatorverfahren werden insbesondere auf börsennotierte Unternehmen angewendet. Dabei werden bestimmte Ertrags- und/oder operative Kennzahlen verwendet, etwa das Kurs-Gewinn-Verhältnis (KGV), Earnings before interest and taxes (EBIT), Earnings before interest, taxes, depreciation and amortization (EBITDA).

Die sogenannte Due Dilligence – also die gründliche Prüfung des Unternehmens – bezieht sich auf die rechtliche Due Dilligence, die Financial Due Dilligence, die Tax Due Dilligence, die arbeitsrechtliche Due Dilligence und viele andere Bereiche mehr. Dabei werden die rechtlichen Verhältnisse der Gesellschaft überprüft um sich einen überlick über die Situation des Unternehmens verschaffen zu können und versteckte Risiken zu entdecken. Dabei werden die wesentlichen Verträge der Gesellschaft auf die vereinbarten Rechte und Pflichten hin überprüft. Weiterer wesentlicher Punkt ist die arbeitsrechtliche Due Dilligence, bei der ein Überblick über beispielsweise den Umfang einer betrieblichen Altersversorgung, Kündigungsfristen oder sonstige betrieblicher Vereinbarungen erlangt werden soll. Bei der Tax Due Dilligence wird insbesondere nach verdeckten steuerlichen Risiken gefahndet. Für den Veräußerer besonders wichtig ist die Vereinbarung von Vertraulichkeitsregeln, da der Erwerber tiefen Einblick in wichtige Daten des Unternehmens erlangen kann. Neben der Untersuchung von physischen Unterlagen, die in einem sogenannten Datenraum zusammengestellt werden, ist mittlerweile immer mehr der sogenannte virtuelle Datenraum im vordringen, bei dem die relevanten Unterlagen eingescannt und den Interessenten online zur Verfügung gestellt werden.

Sofern die Gesellschaft als Ganzes verkauft wird, sich also nur die Struktur der Gesellschafter verändert, bleiben die Arbeitsverhältnisse uneingeschränkt bestehen, da sich an der Stellung der Gesellschaft als Vertragspartner des Arbeitnehmers nichts ändert. Sofern nur ein Unternehmensteil veräußert wird, gehen die Arbeitsverhältnisse regelmäßig gem. § 613a BGB auf den Erwerber über. Insoweit besteht zum einen eine Informationspflicht des Arbeitgebers, zum anderen ein Widerspruchsrecht des Arbeitnehmers. Etwas anderes kann für die Verträge der Geschäftsleitung gelten, wenn eine sog. Chance of Control Klausel vereinbart wurde, die ein besonderes Kündigungsrecht begründet.

Grundsätzlich erfolgt der Erwerb eines Unternehmens unter Privatleuten, und unterliegt damit nicht behördlichen Genehmigungen. Etwas andere gilt aber insbesondere für kartellrechtlich relevante Vorgänge. Allzu häufig wird der kartellrechtliche Aspekt beim Erwerb auch von kleineren Unternehmen unterschätzt und erst sehr spät beachtet. Dadurch kann es zu erheblichen Verzögerungen und damit verbunden Kosten kommen. Daher sollte möglichst frühzeitig geprüft werden, ob der Erwerb eines Unternehmens in den Anwendungsbereich des deutschen Kartellrechtes fällt und der Fusionskontrolle unterliegt oder sogar die Fusionskontrolle der Europäischen Union einschlägig ist.